Sofía se comunicaba con las religiosas por correspondencia. Llegó a escribir 14.000 cartas, en las que les daba directrices, respondía a sus dudas o las amonestaba si era necesario.

En 1839 la Sociedad vivió una gran crisis, y algunas de las religiosas se enfrentaron a Sofía. Al borde de la escisión, Sofía renunció a algunos cambios por el bien común.

Para afrontar un tiempo nuevo, promovió la renovación humana y espiritual de las religiosas, la exigencia educativa de los colegios y estabilizó las finanzas de la Sociedad.

En 1850, se celebraron los 50 años de la fundación de la Sociedad del Sagrado Corazón, y se fundaron comunidades en Canadá, Cuba, Chile…